フラグシップは元々、すでにカプコンを退社した岡本吉起氏が中心になって設立した会社で、任天堂系統のタイトルでは『バイオハザード0』や『ゼルダの伝説 ふしぎの木の実』、『星のカービィ 鏡の大迷宮』などの作品を手がけました。後期はシナリオだけでなく、実際の開発も行っていたようです。
最初はカプコン、任天堂、セガの共同出資(マジョリティはカプコン)だったのですが、いつのまにかカプコン以外は資本を引き揚げて、カプコン100%となっていたようです。
『デッドライジング』や『ロストプラネット』そして先日の『逆転裁判4』とヒット作品を連発している良い時期に子会社の整理を、ということでしょうか。