本作は、『チョコボと魔法の絵本』シリーズなどで楽しめる、召喚獣の力が封じ込まれたカードを使って相手と戦う対戦型カードゲーム。
『ポップアップデュエル オンライン』では、ロビーでチャットなどを楽しみながら対戦相手の募集・応募を行うことができ、バトルへの参加だけでなく他のユーザー同士のバトルを観戦することもできる。
バトルに勝利すると、相手の持ちカードを獲得することができ、ゲームスタート時点では「スターターパック」に含まれる20枚のカードが手持ちカードになる。なお、カードは対戦相手からの獲得のほか、、バトルなどで獲得できるPUDポイントや、メンバーズコインでの購入などで増やすことができる。
本作では、4月6日（月）正午から5月11日（月）までの間、1ヶ月間のランキングを競う「春のヒーローX杯」が行われる。大会には、開催期間中に対人バトルを行うことで自動的にエントリーされ、通算ランキング上位100位の会員にはカード「ギルガメッシュ：ヒット・ジ・エンド」が贈られる。また、参加賞にはカード「ゴブリン：たたく・改」が用意されている。
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