「覚醒の刻」では、「飛龍の章」で実装されたクエスト「根の国の意見」の続編にあたる、クエスト「凶神の冥宮」を新たに実装。九州の戦乱のため、再び瘴気に覆われつつある「根の国」を舞台にして、「八尋」と、かつての仲間たち「天の御柱」が新たな冒険へと挑んでいくという内容だ。
またこのクエストでは、特殊な「鍵」を集めて開くことができ、中から強力なアイテムを入手できる特殊アイテム「施錠箱」が手に入る。他にも「凶神の冥宮」のダンジョンでは、様々なアイテムを入手できるとのこと。
また、新たな装備強化法である「強化石鍛練」も「覚醒の刻」では追加される。この装備強化法では、「神秘石」、「付与石」の付与値を、限界値を超えて伸ばすことが可能。なお、「付与石」については、2つの「付与石」を合体させて「双晶石」にすることで強化できるようになる。
実際に強化する際には、新アイテム「珠玉」を使用することで、「神秘石」と「双晶石」の付与値が上昇。それに伴い、取り付ける装備品の能力も上がるのだ。