そんな映画公開直前にビッグな企画が行われることが発表となった。本作に関連した完全新作アニメ『ミュウツー～覚醒への序章（プロローグ）～』が7月11日（土）にテレビに登場する。
テレビ東京は、7月11日19時から、系列各局にて、ポケモンの2時間スペシャル番組を放映する。2012年夏公開の「キュレムVS聖剣士ケルディオ」のテレビ初放送に加えて、この『ミュウツー～覚醒への序章～』の2作品をラインナップする。サプライズな番組だ。
「ミュウツー～覚醒への序章～」は、タイトルどおり映画「神速のゲノセクトミュウツー覚醒」につながるストーリーとなる。
映画で活躍するミュウツーとサトシたちが出会う前の話が描かれる。ミュウツーの過去や目的、最強のポケモンとされるミュウツーがオリジナルストーリーで描かれる。一足早い最強のポケモンがお茶の間を賑わせそうだ。
また、番組のナビゲートは、前田敦子さんが担当する。前田さんは「神速のゲノセクトミュウツー覚醒」と同時上映の「ピカチュウとイーブイ☆フレンズ」のナレーターも務めている。テレビでも、ポケモンの応援に一役買う。
7月11日には、映画「神速のゲノセクトミュウツー覚醒」への興奮をますます盛り上げることになる。公開に向けた期待の大きさも感じさせるビッグなスペシャル番組だ。
劇場版ポケットモンスターベストウイッシュ『神速のゲノセクトミュウツー覚醒』
7月13日（土）全国ロードショー
http://www.pokemon-movie.jp/
ポケモンBW最終章公開記念スペシャル
完全新作アニメ「ミュウツー～覚醒への序章（プロローグ）～」
＋「キュレムVS聖剣士ケルディオ」一挙放送
http://ani.tv/mewtwo2013/
番組ナビゲーター： 前田敦子
テレビ東京系列にて7月11日（木）19時～20時54分
バージル： 梶裕貴
イーブイ ：西村ちなみ
オスカー： 佐藤正治
アンナ： 加藤英美里
ダンク： 子安武人
[特別出演]
ミュウツー： 高島礼子
[ストーリー]
ポケモンレスキュー隊のバージルは山岳救助の任務を終え基地に戻る途中、とある山に緊急着陸。そこで出会った少女アンナと老人オスカーから、見たこともないポケモンに助けられたという不思議な体験を聞いていた。すると・・・
「そのポケモンは『ミュウツー』です！」
突然、謎の男・ダンクが声をかけてきた。先日、自分もミュウツーに助けられたのだと語るダンク。だがミュウツーはその時に大きな怪我を負ってしまったのだと言う。
バージルたちはすぐにミュウツーの救助に向かおうとするが、人間に作られたというミュウツーは人間を信用していないらしい。そこでバージルはイーブイ達に、アンナは森に住むポケモンたちに呼びかけ捜索開始！
だがそこには、ポケモンたちの後を追う怪しげなカメラと不敵に笑うダンクの姿が・・・。
果たしてダンクの目的とは！？
さらに次々と明らかになるミュウツーの過去！
・・・そしてついに！覚醒したミュウツーの壮絶なバトルが幕を開ける！！
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